Scavato tra le falesie delle montagne avvolte dalla nebbia dell'antico Giappone, si trova il Santuario di Onitama. È un luogo di illuminazione e abilità, dedicato agli Spiriti che guidano le Scuole di Arti Marziali in tutto il paese. I maestri di queste scuole azzardano il viaggio verso Onitama con i loro discepoli più promettenti, per incontrarsi tra le sue sacre mura e per dimostrare la loro superiorità nella battaglia contro gli altri.
Onitama è un gioco astratto, con una configurazione iniziale casuale, perfetto per due giocatori.
Su un tabellone 5x5, entrambi i giocatori iniziano con cinque pedine dalla loro parte e con quella principale al centro. Ogni giocatore ha due carte scoperte, che mostrano ciascuna una possibile mossa per uno qualsiasi dei suoi pezzi. C'è poi una quinta carta che non può essere utilizzata da nessuno dei due giocatori.
Nel proprio turno un giocatore sceglie una delle sue carte, sposta uno dei suoi pezzi a seconda della carta scelta, quindi sostituisce la carta che ha usato con la quinta carta. L'altro giocatore, a sua volta, sceglie una delle sue carte, si muove di conseguenza e scambia quella carta con questa quinta carta, che è, ovviamente, la carta che il primo giocatore ha appena usato.
Spostarsi su una delle pedine dell'avversario consente la rimozione di quella pedina dal gioco. Vince la partita chi, per primo, riesce a rimuovere il pedone principale dell'avversario o a spostare il proprio pedone principale nello spazio iniziale di quello del proprio avversario. Che la sfida abbia inizio!