Skies Above the Reich è un gioco in solitario nel quale una squadriglia di BG109 della Luftwaffe lotta per scoraggiare e distruggere le incessanti incursioni diurne sulla Germania durante la Seconda Guerra Mondiale. I singoli aerei del giocatore, ognuno rappresentato da un blocco adesivo, devono affrontare la potente formazione "combat box" della United States Army Air Force. Il gioco è una rappresentazione a grandi linee della disperata guerra aerea. Dalla fine del 1942 all'inizio del 1945, Skies Above the Reich si svolge in una serie di missioni che formano una campagna. Ogni missione richiede una mezz'ora o più di gioco, mentre una campagna può durare da 6 a 60 missioni.
Durante le missioni si scelgono i piloti e gli "accessori", come le capsule per le armi, i razzi o l'armatura aggiuntiva. Si può anche aumentare l'attacco con aerei ausiliari come gli JU88, i FW190 o, più tardi nella guerra, i ME262 a propulsione a getto, la risposta al letale caccia di scorta P-51. Il tempo a disposizione in una missione è limitato, quindi bisogna fare del proprio meglio per distruggere la formazione di bombardieri il più rapidamente possibile, riportando a casa il maggior numero di piloti possibile per la missione successiva.
La missione si svolge su una mappa che raffigura ben ventuno bombardieri B-17 in uno schieramento serrato. Il gioco viene fornito con due tabelloni a doppia faccia (quattro mappe in tutto) che, nel loro insieme, raccontano lo sviluppo e la crescente letalità della formazione di bombardieri. Ogni mappa è un terreno più grande e più letale del precedente.
Colpirete la formazione dal naso o dalla coda? I vostri caccia effettueranno un attacco a livello morto o sganceranno bombe sulla formazione dall'alto? Dividerete la vostra squadriglia per attaccare da più angolazioni o caricheranno i bombardieri in ondate successive? Avrete tempo per questo tipo di manovre?
E se incontrate i "piccoli amici" dei bombardieri, i caccia di scorta in agguato nelle vicinanze? Come li affronterete, o ci proverete? Organizzerete una parte delle vostre forze per affrontare la scorta, o armerete l'intero contingente per concentrarvi sui bombardieri?
Per quanto ogni missione possa essere difficile, la vera sfida è la campagna, in cui si assiste alla progressiva riduzione della propria rosa di piloti. Alcuni piloti sopravviveranno abbastanza a lungo da acquisire le abilità di un asso, ma sarete costretti a sostituire i piloti abbattuti o feriti, e i giovani nuovi arrivati saranno "inesperti". Alcune campagne finiranno semplicemente perché avrete esaurito i piloti.
Le campagne complete seguono la cronologia delle "stagioni", ognuna delle quali comprende un certo numero di missioni che la vostra squadriglia compie per disturbare le incursioni dei bombardieri americani. In una campagna completa dovrete affrontare tutte e sette le stagioni, mantenendo intatta la vostra squadriglia e riuscendo ad avere un impatto sull'incessante ondata di bombardieri che si abbatte sulla vostra patria. Una campagna breve vi sfida a vincere una sola stagione, anche se potreste desiderare di estenderla a una seconda o terza stagione, a seconda del vostro successo.
Ogni stagione rappresenta un periodo distinto della guerra, mentre la campagna attraversa la storia della guerra aerea. I bombardieri diventano più pesantemente armati, ma anche i caccia BF109. Le prime stagioni sono caratterizzate da formazioni più piccole, mentre le stagioni centrali della guerra si distinguono per la mancanza di caccia di scorta. E le stagioni successive metteranno a dura prova la vostra squadriglia.
È possibile giocare anche in modalità (non) cooperativa in 2. I giocatori comandano ciascuno una squadriglia di caccia e attaccano insieme una formazione di bombardieri. Sebbene i giocatori possano perdere insieme, vincendo la campagna solo uno di loro può essere dichiarato il vincitore.