Nel XV secolo vengono istituite le università, per sfidare l'influenza religiosa sul mondo accademico, innescando in Europa una rivoluzione culturale.
In Alma Mater i giocatori ricopriranno il ruolo di preside in una delle università di quel periodo, cercando di aumentarne il prestigio. Per raggiungere tale obiettivo dovranno reclutare gli studenti migliori, condividere la conoscenza con altre università e diventare esperti nelle quattro discipline scolastiche! Non è un compito facile, ma nessuno ha mai detto che l'università sarebbe stata facile.